Идея создания школы «Афины» возникла в 1992 г., когда группа преподавателей гимназических классов (где, помимо обязательных предметов, читались такие, как история искусства, два иностранных языка, художественный труд, основы театрального искусства и шахматы), пришла к выводу, что обучение, воспитание и формирование личности, комфортно чувствующей себя в информационном мире, необходимо начинать как можно раньше, и уж никак не позднее пятилетнего возраста.
Сегодня «Афины» — это большая семья, состоящая из более чем 270 «младших сотрудников» и 88 взрослых. Школа располагается на Соломенке (одном из центральных районов города). Школа работает в режиме полного дня. Поскольку дети съезжаются со всего города и даже его окрестностей, в школе организовано 9 маршрутов ежедневной развозки (утренней и вечерней). Учебные группы намеренно небольшие — до 15 человек.